医疗车间净化工程的主要技术是控制粉尘和微生物。微生物作为一种污染物质，是医疗净化工程环境控制的重要组成部分。医疗净化车间设备，管道积聚污染物，可以直接污染药品，但不影响洁净度的检测，所以我们说：GMP需要空气净化技术，空气净化技术不代表GMP！清洁等级不适合描述悬浮颗粒的物理、化学、放射性和寿命特性。不熟悉药品生产过程和工艺，不了解污染原因和污染物积累地，不掌握去除污染物的方法和评价标准，认为符合清洁要求的洁净室能生产出高质量的药品，是对GMP认识上的一大误区。
GMP技术改造医疗是常见的两种情况：
(一)正是由于主观认识上的误解，清洁技术在污染治理过程中的应用是不利的。最后，一些制药企业在改造过程中投入巨资后，药品质量没有明显提高。
医疗清洁生产工厂的设计和建设，工厂设备和设施的制造和安装，生产所需的原材料和辅助材料的质量，包装材料的质量，以及网络设施控制程序的实施，都将影响产品质量。
施工影响产品质量的原因是过程控制环节存在问题，安装和施工过程中存在隐患，具体表现如下：
(1)净化空调系统的风管内壁不干净，连接不紧密，漏风率过大。
(2)彩色钢板的围护结构不严格，洁净室和技术层(天花板)的密封措施不当，闭门不关。
(3)装饰型材和工艺管道在洁净室形成死角和积尘。
(4)个别职位的建造不符合设计要求，不能满足有关要求。
使用的密封胶质量不合格，容易脱落、变质。
6次排气彩钢板互相交错，灰尘从排气道进入回风管
不锈钢卫生管道的内壁焊缝，如纯净水和注射水，在工艺净水和注射水的焊接过程中未形成。
8风管止回阀动作故障，空气污染引起的反冲洗
(9)排水系统安装质量不合格，管架及附件容易积尘。
洁净室压差设置不符合标准，不能满足生产工艺要求。
因此，对于每一家专业安装工程公司来说，洁净室工程建设，无论洁净度高还是低，都必须做好制药厂进入前控制污染源过程的工作。
(2)多数制药厂洁净室暖通空调系统节能效果差，造成不必要的支出，增加了药品生产成本。
例如，一些制药净化车间在空置或静态测试洁净度、勉强合格、在动态测试(生产)条件下，清洁度不理想；因此，我们必须设定空调机组变频调速至最大工况(使通风数量达到相对最大)，以使室内清洁度达到要求。"气体交换次数的增加必然导致能源消耗的增加，形成不必要的支出，增加药品的生产成本。
