洁净室污染的两个主要来源是水和气体，水是生产和生活的必要载体，在生产过程中，水的挥发和使用会产生更多的污染；而空气所带来的污染是洁净室最大的污染源，通过气体，污染物可以扩散到洁净室的任何角落。因此，在洁净室的设计和使用过程中，通常需要严格的管理。下面简要分析了洁净室的水和气体净化方法。
1.水的净化：制药工业用水可分为饮用水、软化水、纯净水(即去离子水、蒸馏水)和注射水。
配制用水，从自来水应用开始，进一步使用纯净水(包括去离子水和蒸馏水)和注射水，更重要的是，它还规定了灭菌锅和灭菌产品的冷却水。工业原水通常是自来水，它是通过水厂天然水的混凝、沉淀和氯化获得的，但它仍然含有许多杂质，包括溶解的无机和有机物、细颗粒、胶体和微生物等。
溶解无机物是纯水处理的主要对象之一：它们是等价的正离子和阴离子。离子如Na+、Ca++等，阴离子如SO_4、Cl、NO_3等等。溶解有机物，如油烃、工业有机废水、洗涤剂和微生物代谢物，其特点是不带电，但非常精细。
微细颗粒包括各种悬浮或沉淀的固体粒子，它们不仅在原水中数量众多，而且水的处理设备以及分配系统等各个部位都不断产生脱落物。胶体物包括溶胶类，例如硅酸、铁、铝的某些化合物，也包括一些高分子化合物如腐植质胶体等。它们的粒径比微细颗粒要小得多。微生物包括细菌、浮游生物及藻类。其中特别是细菌，为纯水制备中难以对付的一个方面，包括病毒与热原在内，粒径属于μm级及Nm级。并且条件适当时它们就会在离子交换树脂、活性碳、贮水罐以及各种阀门与管道中高速繁殖。细菌本身具有粒子的一切特性，菌体上并且往往含有金属离子，又同时是有机物，需要采取综合措施处理。"纯水"或"超纯水"的具体指标是要根据不同使用目的来确定的，用于医药工业时主要指标是电阻率和细菌、热原；工业用水的"纯度"是相对而言的，通常除软化水外，多把脱盐水、纯水和高纯水笼统称之为纯水。在医药工业上，纯水还包括蒸馏水，其电阻率（25℃）在0.1~1.0′106~1.0′107Ω/cm之间，剩余含盐量在1~5mg/L~0.1mg/L以下，有一个相当宽的区间。实际上的理想的"纯水"是没有的，因为它具有极高的溶解性和不稳定性，极易受其它物质的污染而降低纯度。
饮用水必须作为自来水的水源或水质良好的井水，除离子水必须通过离子交换法制备，蒸馏水可以用饮用水蒸馏法制备，纯水仍然不能去除热原，所以用上述方法制备的纯水必须通过蒸馏进一步制备。
纯水的制备是以原水为原料，水质逐步净化，以满足生产要求。纯水制备系统没有固定模式，需要根据各种净化方法的特点灵活权衡多种因素，灵活组合，不仅要考虑原水的性质、用水标准和用水量，还要考虑生产效率、能耗大小、设备复杂程度、管理维护难度和产品成本。
为了保证纯水水质的稳定，配制后应在系统中回收，以达到"流动水不腐烂"的目的，即使暂时不使用，也必须返回水箱净化，然后再循环，以免停止；用管道和管道制备纯净水，以及安装纯净水，必须采取符合卫生要求的材料和安装措施。"-
二、气体净化：药品生产企业使用的工业气体主要是以压缩空气和氮气为保护气体，与药品接触的压缩空气，以及用于洗瓶、分装和过滤的压缩气体，应以除油、水等方式净化。
评价工业气体洁净度的第一个指标是纯度，另一个是气体中的粉尘颗粒和细菌数量。市场上销售的各种瓶装氮气，空气中的粉尘含量为1140×265粒/升（0.3微米）。燃气发生站输出的气体粉尘含量大于600粒/升(≥0。3微米），但生产用气体的含尘量不大于3.5个/L(≥0.5微米），因此必须安装粉尘过滤器，在制药工业用气体中，管道末端使用的过滤器多采用微孔滤膜，滤膜孔径大小不同，如0。22微米，0.45微米，1微米，3微米，5微米等，所以净化程度也不同。高效空气过滤器对粒径≥0.3微米的粉尘可达100级，是目前用作终端净化的主要手段。高效空气过滤器有平板式，圆筒式和折叠式，根据气体流量的不同又可分为几种型号。
3.洁净地区的排水：清洁地区的排水系统是指室内排水系统。
室内排水系统的任务是将清洗、卫生用具和生产设备中的污水迅速排出，以及雨水和雪水落在屋顶上，进入室外排水管道。同时，药品生产的清洁要求需要防止有害气体、恶臭和有害昆虫灯进入室内，造成微生物污染，为室外污水的处理和综合利用提供方便的条件。因此，清洁地区的排水系统也是极为重要的。
制药业产生的污水有三种：
(1)生活污水包括从卫浴、洗手设施、淋浴设施等排放的污水。
(2)生产废水是指生产过程中产生的污水和废水，包括设备和容器的洗涤水、冷却水等。
(3)雨水包括屋顶上的雨水和融化的雪水。
其室内排水系统一般采用分流系统，除生活污水和排水设计规范(TJ13-74)外，还必须遵守gmp的有关规定，主要措施包括：
(1)100级洁净室不应安装漏水器和地漏，10000级洁净室应避免水桶和地漏，其他洁净室应尽量减少水桶和地漏的数量。
(2)必须在洁净室内与下水道相连的设备、清洁设备和排水设备的排放点安装水弯道或水封装置。
(3)位于洁净室内的地漏要求材料不易腐蚀(内表面光滑，如不锈钢)，不易结垢，密封盖，开启方便，可防止废气倾泻，允许冲洗地面时临时打开盖子，不使用时使盖子死掉。如有必要，应根据产品的技术要求对其进行消毒消毒。因此，可以很好地防止污染(中国已为这一制药行业开发了一种新型清洁地漏)。
(四)质量监督部门和生产中产生的酸碱废水也应当设置专用管道，使用PVC(塑料管或ABS工程塑料管)通向酸碱处理厂。
总之，清洁地方应尽量避免安装水桶及污水渠，而无菌操作区则应绝对避免，如需安装，应考虑其位置，以方便维修及清洁，以尽量减少微生物污染。
