所有知道PCR实验室的人都知道，PCR实验室使用聚合酶链反应来扩增特定的DNA片段，这些片段可以在体外进行，而不依赖大肠杆菌或酵母等生物体。PCR技术也广泛应用于医学和生物实验室。因此，PCR实验室的清洁要求也比一般实验室的要求更严格。
PCR实验室的洁净度主要是通过人工手段，利用清洗技术控制室内空气粉尘、细菌浓度、温湿度和压力，以达到所需的洁净度、温湿度和气流速度等环境参数。"这样，既可以保证实验结果的准确性，又能使工作人员远离可能的感染等。PCR实验室的清洗要求一般采用两级隔离，第一种是通过生物安全柜、负压隔离器、正压防护服、手套、眼罩等进行隔离；第二种隔离是通过实验室大楼、空调净化和电气控制系统实现的。
然而，由于PCR实验室净化空调的风量很小，为了安全起见，对风量的估计是根据较大的估计，这通常超出了标准。目前有一种专用的PCR实验室净化空调装置，可直接利用和解决。普通PCR实验室配备：超清洁工作台、生物安全柜、侧台或不锈钢手术台、洗涤台等。PCR实验室通常分为四个区域，即试剂贮存和制备区、样品制备区、放大反应混合物制备区和扩增产物分析区(如果使用自动分析仪，则可以适当地合并该区域)。
进入每个区域必须严格按单方向进行，不同工作区域使用不同工作服（如不同颜色），工作人员离开时不得拿出工作服。试剂储存制备室（样品制备区），仪器主要配备:冷冻离心机，生物安全柜，冰箱，可拆卸UV灯，全自动力核酸蛋白纯化仪，专用工作服和工作鞋等。扩增反应混合物的制备及扩增区的配置如下:冰箱，高速离心机，超净工作台，PCR仪（需负压状态），可移动UV灯，微量取样器，核酸膨胀机等。扩增产物分析区主要配备移液器，振荡器，超净工作台，毛细管电泳仪，冰箱，离心机，微量采样器，活动UV灯等。
