无尘车间可以控制生产环境，保证生产所需的温湿度达到要求。但是，在日常运行中，也存在许多问题需要注意。
一、空调净化应注重节能降耗。
其空调净化能耗高，在设计和应用中需要采取节能措施。空气流动阻力、法兰连接泄漏、空调风扇和冷冻机等设备在设计、系统和面积划分、供气计算、温度和相对温度确定、新风量比、管道绝缘、管片形状对漏风率的影响、主通道连接角等方面与能耗有关。因此，在无尘车间净化后考虑这些细节。
2.自动控制装置的调整
目前，一些厂家采用手动方式来控制气体和压力调节，但由于控制阀和压力控制能力都在技术模块中，天花也是用彩色软钢制成的。板座的安装和调试已经进行了调整，其中大部分还没有调整，但实际上是有可能的。为了使无尘车间正常工作，应该配备一整套自动控制装置。
3.风管既要满足经济性要求，又要满足效率要求。
对于空调系统的浓缩或净化，管道的要求是经济实用的。前者要求成本低、施工方便、操作成本低、内表面光洁度低等。后指耐磨、无泄漏、耐火、耐腐蚀。
4.不应缺少电话和消防设备。
可在无尘车间设置电话和对讲机电话，以减少在清洁区域行走的人数，减少粉尘排放，在发生火灾时与外界联系，并提供正常的工作环境。净化车间应配备火警系统，以避免外部火源容易被发现，造成重大经济损失。
