在南方一些降水较多的城市，在无尘车间的保温层外设置防潮层是必要的。当空气温度高于环境温度时，保温结构一般不配备防潮层。
保温材料的密闭孔结构有助于防止水蒸气的渗入。例如，复合硅酸盐保温板，其防潮层为液体浆料，施工后不起防潮作用，但价格偏高。
对于无尘车间的粘合保温板，施工的关键是准确的切割材料、紧密的拼接、法兰连接处的紧密连接，并应在法兰外侧粘贴保温带，以防止法兰处形成冷(热)桥。胶带应用于密封除法兰以外的其他接头的防潮，胶带的宽度不应小于50毫米。"-
对于通过无尘车间的管道，除隔热层外，还应安装金属保护层。最好使用不锈钢片，咬合时应紧而光滑，以防止灰尘滋润细菌。
在建造复合硅酸盐保温板时，将匹配的粘贴材料直接涂抹在厚度为2.5 mm的保温板上。涂有膏体的板以同样的方式直接粘贴到管道上，直到绝缘层厚度达到设计要求，然后再用浆料擦去表面。表面干燥后，可按特殊要求处理。
无尘车间使用的保温材料既要符合防火规范的要求，也要符合无尘车间的要求，即保温材料和胶粘剂应由非可燃材料或耐火材料制成，无尘车间内的风管和管道应保温，不应使用无尘材料。
此外，非易燃绝缘材料必须在下列情况下使用：
1.电加热器前后800毫米的风管和绝缘层。
2.穿过防火隔墙两侧2米范围内的风管、管道和保温层。
根据上述要求，橡胶塑料保温板和复合硅酸盐保温板在无尘车间中的使用更为广泛，而阻燃自灭聚苯乙烯保温板的使用由于不能满足消防要求而受到限制。
应强调的是，当无尘车间内的空气温度低于环境温度时，保温结构的内外壁温差产生水蒸气分压差，使管道外空气中的水蒸气随着热流渗入保温材料，在保温结构中产生凝结水现象，导致保温材料的保温性能下降，甚至保温结构开裂，保温材料发霉。
