在食用菌无尘无菌车间生产中，培养室和蘑菇生产室均需根据蘑菇生长需要进行通风换气，并进入室外新鲜空气，排放蘑菇生长产生的二氧化碳。
进入蘑菇房的空气温度和湿度会对蘑菇房的温度和湿度产生很大的影响。室内外差异越大，通风越容易导致室内环境的不稳定。
在中国南方，夏季室外空气相对湿度较高。通风会导致蘑菇房湿度上升。此外，大多数食用菌的生长温度远低于外界温度。高温高湿的室外空气会凝结成蘑菇房，墙面和储物板表面的冷凝水会滋生细菌和霉菌。
如果在接种室、培养室等前期出现这种情况，很容易导致污染率的增加。如果出现在蘑菇房，会导致香菇干燥度下降，影响保质期，甚至出现严重疾病。
夏季净化车间应减少外循环新风量，或全部处于内循环状态，*避免室外高温高湿空气进入。栽培室和蘑菇生产室的设计应考虑新风的冷却和除湿。如果采用集中送风，则更容易解决问题。表面冷却器应安装在新风机内，表面冷却器应充满低温载冷剂。
在北方，夏季高温对通风的影响仅出现在夏季高温时段，其影响远小于华南地区。
在北方，通风对蘑菇生产的影响是在冬季。室外空气的特点是低温干燥。低温和干燥空气对冷却室和接种室无明显影响。它对栽培室和蘑菇生产室的影响很大，主要表现在两个方面。一是低温空气会因新鲜空气而使培养室某些区域的温度降低，进而导致发芽与结实的不一致。其次，低湿度和干燥的空气会立即使蘑菇房的相对湿度达到不可接受的水平。
对于较低的新风温度，*一个好的解决办法是预热新鲜空气。同样，集中供气也更容易解决。新风机内部装有预热装置。如果条件允许，新风温度自动控制。
在北方，冬季新风温度低可以通过预热来解决，但如果新风湿度小，就没有办法通过预加湿来解决问题。主要原因是湿度不易控制，通风管加湿后容易滋生细菌。
因此，北方食用菌冬季生产要特别注意新鲜空气湿度低对环境的影响，提前检修加湿设备，提供足够的加湿量，有条件的话使用超声波加湿器。
在换气前，蘑菇房的湿度应留出适当的换气余量，以抵抗新风干燥对蘑菇房环境的影响。采用少通风、多通风的原则。
冬季，华北地区蘑菇房出风口容易出现冷空气回流现象，这将导致蘑菇房排风口附近温度长期偏低。一般情况下，检查装置都会安装在排气口，但效果不大，只是为了减少冲击。
