洁净室气流组织也是净化室内空气环境的保证措施之一。气流组织有两种：非层流或层流。用高纯空气稀释车间产生的粉尘称为非层流（湍流）。以高纯度气流为载体排放粉尘称为层流。后者有垂直层流和水平层流。从屋顶方向吹入洁净空气并通过地平面排放称为垂直层流式，从侧壁方向刮净空气并从对面侧壁排出称为水平层流式。
由于换气率的变化，紊流模式的洁净度也会发生变化，但一般来说，1万级时换气率在25-35次/h之间，10万级时换气率在15-25次/h之间，30万级时换气率在10万次/h之间。层流模式通常规定气体流速在25-35次/h 0.25～0.5M/S范围内，紊流模式的优点是：①过滤器和空气处理简单；②设备成本低；③易于扩大规模；④结合净化平台，可维持高度清洁。
紊流方式的缺点是：①室内清洁度受到操作人员的干扰；②易产生涡流，使污染颗粒在室内循环；③通风频率小，进入正常运行需要较长时间，增加了用电成本；④ 要充分重视衣帽间、更衣室、风淋室等缓冲间的改造，清理工作服。
C型垂直层流模式的优点是：（1）不受室内工人数量的干扰，并能保持较高的清洁度；（2）空气交换量很大，在运行的同时几乎进入稳定状态；（3）粉尘积聚或再漂浮很小，室内产生的粉尘随着气流被清除，并迅速从污染状态恢复到洁净状态。
垂直层流方式的缺点是：1）终滤器和交换板安装麻烦，容易导致过滤器密封垫损坏；2）设备成本高；3）规模扩大困难。
e水平层流模式的优点是：1）涡流和死角导致的积灰或再浮少；2）换气频率很高，自净时间短；3）室内清洁度受工人数量和运行状态影响不大。
F水平层流方式的缺点是：1）受气面可以保持较高的清洁度，但靠近吸入面，半清洁度会降低；2）难以扩大规模；3）垂直层流不会增加设备成本；4） 衣帽间、更衣室、风淋室等缓冲间要注意改善，经常清洗工作服。
由于附加设备成本高，有必要考虑就地净化方式。事实上，在一些关键设备上，如输液灌装设备、冻干注射剂灌装堵漏设备等，都采用了上流式空气净化法，使药品在生产和灌装过程中暴露在空气中的部分达到100级。这样，车间内较大环境的清洁度就不需要这么高了。事实上，要使车间的清洁度达到100度是非常困难的。
