在食用菌无尘无菌车间生产中，养殖室和蘑菇房都需要根据蘑菇的生长需要进行通风通风，进入室外新鲜空气，并排放蘑菇生长产生的二氧化碳。
进入蘑菇室的空气温度和湿度将对蘑菇室的温湿度产生很大影响。室内与室外之间的距离越大，通风就越有可能导致室内环境不稳定。
南方夏季室外空气相对湿度大，通风将导致蘑菇室湿度升高，加之大多数食用菌的生长温度低于外界温度，高温高湿的室外空气会产生凝结现象，墙壁和储藏室表面的冷凝水会滋生细菌和霉菌。
如果这种情况发生在疫苗接种室、养殖室等的前部，很容易导致污染率的增加；如果出现在蘑菇室，则会导致蘑菇干燥程度的下降，影响保质期，甚至导致严重的疾病。
在夏季，净化车间应减少外循环新鲜空气的风量，或全部处于内循环状态，以最大限度地避免室外高温高湿空气的进入。养殖室和蘑菇室的设计应考虑新鲜空气的冷却和除湿问题。如果采用集中送风的方式，则应在新风扇内安装表面冷却器，并在表面冷却器中加装低温冷却剂。
在北方，夏季高温对通风的影响仅在夏季最高时发生，而对通风的影响远小于南方。
在北方，通风对食用菌生产的影响是在冬季。室外空气具有低温干燥的特点，低温干燥空气对冷却室和接种室的影响不明显。它对文化室和蘑菇室有很大的影响，主要表现在两个方面。一是由于空气新鲜，低温空气的进入会导致养殖室某些区域的温度下降，从而导致细菌与蘑菇之间的不一致性。其次，低湿度和干燥的空气会立即使蘑菇室的相对湿度无法接受。
对于新风温度低的情况，最好的解决办法是预热新鲜空气。同样，集中送风也更容易解决。预热装置安装在新风扇上，如果条件允许，新风温度可以自动控制。
在北方，冬季新鲜空气的低温可以通过预热来解决，而新鲜空气的湿度不能用预湿度的方法来解决，主要原因是湿度不容易控制，通风管道在加湿后很容易滋生细菌。
因此，在冬季，北方食用菌的生产应特别注意新鲜空气湿度低对环境的影响，提前检修加湿设备，配备足够的加湿器，冬季必须使用超声波加湿器。
在换气前，蘑菇室的湿度应预留适当的空气交换余量，避免新鲜空气干燥对蘑菇室环境的影响，并应采用少通风、频繁通风的原则。
冬季，北方蘑菇房的出风口容易出现冷风逆灌现象，导致蘑菇房出口附近的温度长期偏低，一般在出口处安装止回阀，但效果小，只会减少影响。
