为实现食用菌产业化，需要建设一个洁净的洁净室，包括实验室、预冷室、冷却室和接种室。除了满足食用菌生产洁净室的基本规范外，还应将食用菌生产的理念和生产工艺融入设计中。Mecwell 建议蘑菇技术人员参与食用菌洁净室的设计。建议在食用菌洁净室的设计和施工中应注意以下几点：
食用菌厂洁净室的洁净度应达到 10000 级标准，高效过滤器的出风口应达到 100 级。
这个净化标准是一般的净化室，食用菌厂的洁净室，一般的物流，人流量大，而且每天都要有人和物流。根据世界蘑菇行业的经验，万级洁净室在静态下可以达到万级标准。在生产过程中，如锅炉出锅、冷却、接种时，粉尘颗粒数量迅速增加，净化水平无法保证。
因此，食用菌厂净化室的净化水平应提高到 1000 级，并增加循环风量和循环次数，以保证生产过程中的动态净化水平。
2、 洁净室设有紫外线杀菌灯和臭氧发生器
食用菌净化室不使用药物消毒，因此在设计净化室时，应安装紫外线灯管或臭氧发生器对空间进行消毒。
3、 洁净室地面做耐磨处理。预冷室、冷却室、接种室的地面必须考虑是否能承受周转车轮的滚动。地面一旦损坏，就很难修理了。普通环氧自流平根本无法承受频繁的高强度碾压，蘑菇杏天霞建议做新型的耐磨地板，这种地板更贵，但耐用。
4、 设计 10-15% 新风量
保持食用菌洁净室循环风 10-15% 的新风量，保证净化室新风量，环境空气处于动态流动状态，环境指标更稳定。
5、 初级和中级效率过滤器应易于更换。初、中效过滤器一般采用耐洗材料，清洗时应便于拆卸和安装。
6、 风淋室风量
一般来说，净化公司按国家标准设计的风淋室风量较小，接种室人员流动带来的粉尘量较大，建议增加大风淋浴室的风量。
7、 预冷室、冷却室、接种室相互连通。具体的工作过程应与净化公司说明清楚，避免三个净化间压差的相互影响。
