高档洁净室的生产成本很高。一般来说，室内装修（墙壁、顶部、地板、门窗等）和空调净化系统（包括制冷、空调设备和管件、净化设备和附件等）的初始成本约为每平方米 1000 元。
如果加入纯净水准备和系统管道、纯气体攻击和系统管道、废水管理设备和管道、消防系统、供应和自动控制系统、真空清洗系统等，单位面积的生产成本应高达 25000 元 /m2。
生产上海华虹 NEC 超大型集成电路芯片生产线洁净室，华虹 NEC 为每月交付 8 片硅片集成电路前处理生产线 30000 条，净室面积约为 12000 平方米，中间部分为 10000 平方米，另一侧为 2000 平方米。
中央 10000 平方米洁净室内设有 1000 平方米级 10 级和 100 级直通式单向流动洁净室。另外，6000 平方米为 1000 级、10000 级和非单向流动洁净室，总供气量约 640 万立方米，1998 年底竣工投产。
项目总投资约 100 亿元，其中电力设备和民用建筑投资 20 亿元，占总投资的 1 /5。仅作为中心一部分的 10000 平方米洁净室的生产成本就高达 6000 万美元（约合 5 亿美元），相当于日本三机厂社会建设每平方米约 50000 元人民币。高档洁净室由于净化风量大、新风量大、对温湿度要求高等原因，工作管理成本较大，空气热湿处理和送风送风能耗大，能耗大，工作成本高。
