净化车间设备的设计，选型和安装应符合生产要求，易于清洗，消毒，灭菌，便于生产操作和维修保养，能防止差错或减少污染；直接接触的设备应光滑，光滑，易于清洗或灭菌，耐腐蚀，设备传动部位应密封良好，防止润滑油和冷却液泄漏时对原料，半成品，成品和包装物的污染。"纯净水和注入水的制备，储存和分配应防止微生物的滋生和污染，储罐和输送管道所用材料应耐腐蚀，管道的设计和安装应避免死角和盲管，罐和管道应规定清洗和灭菌周期生产中粉尘量较大的设备，如粉碎，筛分，混合，造粒，干燥，包衣等，应就地设置收尘，吸粉装置和防尘帘。 净化处理后的气体中含有的颗粒和微生物应达到规定的空气洁净度要求，干燥设备的风口应有防止倒风的措施。
在不同洁净等级房间之间，若采用传送带传输材料，为防止交叉污染，传送带不宜穿过隔墙，但在隔墙两侧，送至无菌区的传输装置必须分段传输； 传动机械的安装应增加减震消声装置，改善操作环境，净化车间动态测试噪声不应超过70dB当连接线，双标题消毒器等设备的安装要跨越两个不同洁净等级的区域时，应同时采用适当的密封方式，以确保洁净等级高的区域不受影响。设计或选用轻便灵巧的传输工具，如传送带，小车，槽，软管，闭式料斗等。
