为防止GMP车间发生交叉污染，根据产品特性、工艺要求和空气洁净度等级，应专门使用车间设施清洁净化工具，并将垃圾放入尘袋中，并将其运走。GMP车间的清洁必须在上班前和生产过程运行结束后进行；清洁工作应在净化车间空调系统运行时进行；清洁工作结束后，净化空调系统应继续运行到规定的时间清洁度恢复，启动运行时间一般不少于GMP车间的自洁时间。使用的消毒剂应定期更换，以防止微生物产生耐药性。大件物品搬进车间时，应在一般环境下用吸尘器清理干净，然后允许进入净化车间，用洁净室吸尘器或擦拭法进行进一步处理；当GMP车间净化系统停止运行时，不允许将大型物体移入净化车间。
GMP车间应进行消毒灭菌，包括干热灭菌、湿热灭菌、辐射灭菌、气体灭菌和消毒剂消毒。本文介绍了辐射灭菌，主要适用于热敏性物质或产品的灭菌，但必须证明辐射对产品无害。紫外线消毒具有一定的杀菌效果，但在使用中存在诸多问题。影响消毒效果的因素很多，如强度、清洁度、环境湿度、距离等。另外，其消毒效果不高，不适合有人员活动和气流的空间。这些原因使得紫外线消毒不能被国外GMP所接受。室内辐照，灭菌率达到99%时，一般细菌的辐照剂量约为10000-30000uw.s/cm。离地2米的15W紫外线灯，强度约8uw/cm，需要照射约1H，但在1H内不能进入照射部位，否则会损伤人体皮肤细胞，具有明显的致癌作用。
