不同行业十万级净化车间室内压力的处理方式不同，通常机械仪器设备十万级净化车间以及普通的生物洁净室主要通过正压的方式实现，与此相反，那些需要处理一些有毒或特殊气体及溶剂等的洁净室通常是进行负压控制。
维持十万级净化车间的正压才能确保室内的空气尽可能地不受到污染，也才能确保室内空气的等级达到相应标准的要求。就算是负压洁净室，也需要确保室内的正压，主要是借助洁净度等级更高的相邻洁净室来实现的，这样才能确保负压洁净室的空气质量等级达到相应的标准。
十万级净化车间内正压的计算方法是，在确保所有门窗都关闭
的情况下，室内与室外静压值之差。这一差值的维持离不开室内通风体系提供大于回风量及排风量的送风量。各种洁净等级洁净室之间和同一洁净室的不同洁净区域之间的静压差，需要大于5Pa，而室内和室外之间的静压差要大于10Pa。
另外，十万级净化车间内的通风量和风速也有一定的限制，所以说配备的空调系统也要确保这些参数能够符合相应的要求。
确保整个通风系统具备较高的稳定性和可靠性
以生物培养室来说，主要的操作是进行微生物、特殊组织、细胞等的培养。对操作环境有很高的要求，不仅要满足其对温度和光照等的要求，还要确保室内空气质量、水分、酸碱度等指标，同时还需要进行消毒灭菌处理，这都离不开洁净室的空调系统。
就算是要求没有那么高的洁净室，比方说电子、航天等，但是对温湿度、洁净度、无菌、防辐射等都跟一般的室内空调是有差别的。除此之外，一些用来饲养实验需要的动物的空间，虽然还达不到十万级净化车间的要求，但是因为这些动物对后期的实验有至关重要的影响，也需要制造无菌的环境，所以对空调系统的通风和除菌也有较高的要求。
