生物洁净室不仅要检测空气中细菌的数量，而且还要经常进行墙壁、地面或物体表面污染的检测，以便于采取消毒和消毒措施。这种在生物洁净室中的检测一般是定性的，并根据实际情况加以控制。目前常用的检测方法如下：
1.压榨法生物洁净室压法是一种将固体介质或棉球浸湿在试验现场，然后进行培养读数的方法，使用固体介质的方法有Rodak平板法、琼脂香肠法、压制琼脂法等，使用棉球的方法具有压型膨胀的方法，生物洁净室的压制方法适用于被测表面或部分为平面的情况，而不适用于被测表面为曲面的情况。
2.擦拭生物洁净室。它指的是擦拭待测表面的某一区域，清除附着的细菌，或对液体进行软超声波处理，然后计数细菌数量的方法。这种方法在大多数西方国家广泛采用。擦拭材料有脱脂棉、纱布、特种纤维布等，润湿剂有生理盐水、各种抛光剂、液体介质等。生物清洁室擦拭方法既适用于平面也适用于表面。
3.真空吸力法。生物洁净室试验方法具有与静电除尘器相同的机理。该方法是用专用吸引喷嘴处理被测表面，保持较小距离，以一定的风量和风速吸入空气，然后用薄膜过滤器过滤采样空气，然后培养附着在滤膜上的细菌，最后检测细菌数量。虽然生物洁净室的真空吸力法既可用于平面，也可用于表面，但当被测表面是表面时，会出现一些误差。
生物洁净室表面附菌的测定方法可根据待测场所或物体的形态选择。
