PCR反应的最大特点是扩增能力强，灵敏度高，但头痛问题易受污染，少量污染可造成假阳性。面对样品交叉污染、试剂仪器交叉污染、克隆质粒污染、PCR扩增产物污染和气溶胶污染等多种污染源，气溶胶是由固体或液体颗粒分散悬浮在气体介质中形成的胶体分散体系。当空气和液体表面摩擦，如在操作中，反应管是剧烈摇动。当盖打开时，当样品被吸走时，可以形成气溶胶，形成污染注入枪的重复样品吸收。这种污染是悄悄地来的，是无法防止的。
虽然这些污染对PCR实验结果的影响越来越受到重视，但大多数PCR实验室已经采取了多种污染控制方法，如定期清洗、划分操作区域、装载试剂、谨慎操作、重复实验、多角度验证结果等。然而，微量核酸片段可以被放大，所以对污染物的控制不仅可以消除和避免，关键是要从源头上进行控制。目前，大多数生物实验室、分子实验每天都在大规模进行，污染源已经无处不在、专属性、非特异性、同源性、非同源性、广泛分布于样品容器、实验室表格、试剂溶液、仪器表面管附件等。以下是为消除这些污染源而制定的方法：
解决PCR实验室污染问题的方法
1.酒精擦拭：沉淀核酸，以确保污染的表面污染能在一定程度上得到缓解(简单、方便、低成本)。
2.修饰：标记遗传物质，防止聚合酶与核酸结合，从而抑制DNA的扩散(效果较好)。
3.酶解：酶能将长链核酸分子降解成小片段(速度快，效果较好)。
4.高压变性：高压可将核酸降解成20-30 bp(彻底、低成本)的小片段。
5.紫外线照射：PCR产物中嘧啶碱形成二聚体并终止(方便、范围广、成本低)。
在有实验室的地方，实验室的污染是不可避免的。实验室的污染不仅会影响实验和科学研究的质量和效果，而且会损害实验室工作人员的健康。一个好的PCR实验室应该始终重视污染监测，并考虑污染是否是污染造成的，以便采取措施防止和消除污染。
