由于主观认识上的误解，清洁技术在污染控制过程中的应用是不利的。最后，在一些制药企业投入巨资改造后，药品质量没有明显提高。
医疗清洁生产装置的设计、施工、设备设施的制造和安装、生产原材料的质量、包装材料的质量、网络设施控制程序的实施等都会影响产品的质量，李晶的分析表明，施工影响产品质量的原因是过程控制环节存在问题，安装和施工过程中存在隐患，具体表现如下：
1.净化空调系统风管内壁不干净，连接不严，漏风率过大；
2.彩色钢板的围护结构不严格，洁净室和技术层(天花板)密封措施不当，密闭门不密实。
3.装饰型材和工艺管道已在洁净室形成死角和积尘。
4.个别地点的建造不符合设计要求，不能满足有关要求；
5.所用密封胶的质量不合格，容易脱落和损坏。
6.回流和排气彩色钢板相互联系，灰尘从排气流到回流管。
7.不锈钢卫生管道的内壁焊缝，如纯净水和注射水，在焊接过程中尚未形成。
8.风管止回阀动作失效，空气回填造成污染；
9.排水系统安装质量不合格，管架及附件容易积尘；
10.洁净室压差设置不符合标准，不能满足生产工艺要求。
因此，对于每一家专业安装工程公司来说，无论净化等级是高还是低，污染源进入前的过程控制都必须为制药厂做好。
