净化工程的设计包括洁净生产区、洁净辅助室、管理区和设备区的布置，以及空调、通风工程和照明系统的设计，在净化工程的设计中，在设计工业洁净厂房的总图、平面布置和断面时，必须充分考虑场地的合理利用和工艺生产的要求，在净化工程的设计中要处理好洁净区与其他相关辅助区域的关系。
净化工程的设计还有效地利用了生产过程、净化空调和公共电力设施所使用的空间组合物，以节省面积，降低能耗，防止污染或交叉感染等。净化工程的设计应确保洁净室干净易清洁，防止内外污染，防止颗粒的产生、滞留和积累。
净化工程设计应根据净化要求设计，选择参数，计算风量，绘制焓、湿度图，确定空气状态参数，确保选定的空调柜和空调机组的风量和冷却能力符合设计要求。
